本分署前身為法務部行政執行署新竹行政執行處於90年1月1日成立，
101年1月1日因組織改造奉行政院核定更名為法務部行政執行署新竹分署，
管轄區域範疇為新竹縣、新竹市及苗栗縣。

新竹市共有東區、北區、香山區等三區；
新竹縣共有竹北市、湖口鄉、新豐鄉、新埔鎮、關西鎮、芎林鄉、寶山鄉、竹東鎮、五峰鄉、橫山鄉、尖石鄉、北埔鄉、峨眉鄉等十三個鄉鎮市；
苗栗縣共有竹南鎮、頭份鎮、三灣鄉、南庄鄉、獅潭鄉、後龍鎮、通霄鎮、苑裡鎮、苗栗市、造橋鄉、頭屋鄉、公館鄉、大湖鄉、泰安鄉、銅鑼鄉、三義鄉、西湖鄉、卓蘭鎮等十八個鄉鎮市，
共計三縣市三十四個行政區。

本分署除繼受原地方法院辦理尚未結案之財務與罰鍰案件外，並受理各移送機關依相關行政法規移送案件，由於執行案件數量相當龐大，唯有注入企業化之經營理念，追求低成本、高效率之績效管理制度，方能永續發展。
值此政府財政困難之際，如何運用企業經營之理念，以投入最小人力與物力，獲致最大之產出效益，發揮行政執行機關設置之功能。
一方面伸張公權力、確保國家公法上金錢債權之實現、提昇執行績效、增加政府財政收入；另一方面遵守依法行政並依公平合理之原則，兼顧人民權益之維護，乃為本分署努力的目標。